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核苷酸替代模型的选择

发布时间:2020-07-29 20:02:23

在系统进化分析过程中,树序列的进化模型选择是一个重要的步骤,尤其是对进化模型敏感的ml方法和bi方法是最重要的。对于一些初学者来说,默认的参数往往忽略这一关键步

在系统进化分析过程中,树序列的进化模型选择是一个重要的步骤,尤其是对进化模型敏感的ml方法和bi方法是最重要的。对于一些初学者来说,默认的参数往往忽略这一关键步骤,结果不令人满意。

[前提工具]paup,mrmtgui,modeltest(MalrmodelTest),相关工具可以在线搜索和下载。如果无法下载,请转到我的永硕磁盘下载:http://raindy.ys168.com/[简要处理]runpaup->Savescore->selectfile.->mrmodeltest

1.将mrmtgui配置为配置mrmtgui,在安装相关软件后设置paup、模型测试和mrmodel测试路径,如下图所示:

2.运行paup以运行paup,以选择要选择的模型的文件,例如:本例中的mafftcp.NEX是在对mafft软件进行比较之后的树文件。在选择之后,paup自动开始计算每个模型的参数值:

3.在计算模型参数值时保存分数,程序将提示是否立即开始分析,建议您选择No并首先保存分数文件。

4.模型选择示例由mrmodeltest演示(MODEST相似,但可选模型为48,而mrmodel测试只有24种常见模型)。在运行mrmodel测试之前,选择上一步保存的分数文件,然后在运行mrmodel测试几秒钟后生成模型设置参数。

在mrmodel测试运行之后,有两个标准,一个是hlrts,另一个是AIC标准,如下图所示

5.通过添加模块获得的模型参数,您可以将它们添加到构建文件*中*。例如用PAUP构建ml树,您可以将AIC标准下的参数值添加到文件的PAUP模块中,如下图所示:

当然,如果您正在构建一棵具有mega之类的树,您可以复制相关的参数值并在超级图中修改相应的参数。模型选择选项在mega中也是可用的,但是由于可用模型太少,所以它们被较少使用。

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